Quelques mois plus tard, ne pouvant oublier sa rencontre avec Onisaburo Deguchi, il prit la décision de repartir pour Ayabe et de vivre auprès de Onisaburo afin de vivre une vie spirituelle plus riche et de retrouver la paix intérieure en menant une vie d'ascète . Il commence alors une nouvelle vie parmi les disciples de la religion Omoto en compagnie de sa femme Hatsu et de leur fille Hatsuko âgée de huit ans.

Il adopte avec enthousiasme la vie simple des membres de la communauté et fit rapidement partie du cercle des proches d'Onisaburo. Onisaburo Deguchi fut très impressionné par les compétences martiales de Morihei et l'encouragea à enseigner aux adeptes de la religion Omoto. Morihei trasforme alors sa maison en un dojo de dix-huit tatamis et fonde l'académie d'arts martiaux Ueshiba, où il enseigna le Daîto-Ryu Jujutsu.
Il demeure ainsi auprès de maître Deguchi durant huit ans, période durant laquelle son fils Takemori âgé de trois ans et Kunihoru âgé d'un an décèdent de maladies infantiles.

En 1921, l'épouse de Morihei donne naissance à un nouveau fils, Kisshomaru.
La pratique et l'enseignement des arts martiaux revêt, pour Morihei, un caractère de plus en plus spirituel. Il prend de plus en plus ses distances avec les budôs traditionnels pour développer sa propre approche originale et s'absorber de plus en plus dans l'étude du Kotodama.

En 1922, après une visite de son maître Sokaku Takeda dans la secte Omoto, il reçoit de celui-ci un diplôme officiel d'enseignement et il nomma pour la première fois son nouveau budô "Aïki-bujutsu" connu du public comme le Ueshiba-ryu-aïki-bujutsu.

L'aventure en Mongolie.
Les projets de Onisaburo Deguchi pour accroître l'influence de la religion Omoto étaient nombreux et grandioses; il expose à maître Ueshiba et à une poignée d'amis un dessin extrêmement secret et utopique, consistant à instaurer un état religieux en Mongolie ou s'affronte les armées chinoise et japonaises et y créer une alliance sino-japonaise.

Le 13 février 1924 Onisaburo, maître Ueshiba et un groupe de proches, partirent pour le continent et unirent leurs sorts, pour atteindre leurs buts, à un militaire rebelle Lu chang K'uei commandant en activité dans la région.
C'est durant ce voyage que se passe le fameux épisode, où maître Ueshiba, menacé de mort par des ennemis armés de fusils, vit sous forme de traits de lumière la direction des balles qui se dirigeaient vers lui et pouvait ainsi les éviter sans qu'aucun mal ne lui soit fait; mais bientôt ils sont malheureusement capturés par des troupes chinoises et sont condamnés à mort et durent leur survie qu'à l'intervention in extremis du consulat japonais. Plusieurs photographies prises pendant leur captivité témoignent de leur pénible expérience.

Le retour au Japon.
Maître Ueshiba retourne à Ayabe. Il reprend l'enseignement des arts martiaux à l'académie Ueshiba et travaille à la ferme Tennodaira . A cette époque il s'intéresse particulièrement à l'enseignement du Sojutsu (la technique de la lance), du Ken-jutsu et du jujutsu. Il comptait, parmi ses élèves en Daito-ryu, un certain nombre d'officiers de la marine dont l'éminent amiral Seiko Asano, lui aussi adepte de la religion Omoto.
Petit à petit, la nouvelle que maître Ueshiba accomplissait des prouesses en arts martiaux se répandit. Seiko Asano fit, auprès de ses collègues de la marine, des éloges sur Morihei Ueshiba et encouragea un autre amiral, Isamu Takeshita, à venir à Ayabe afin de découvrir l'art martial enseigné par Morihei. L'amiral Takeshita fut très impressionné et fit de son mieux pour que Morihei puisse faire des démonstrations et diriger des stages à Tokyo. Ses aptitudes exceptionnelles en jujutsu et son charisme firent bientôt de lui un instructeur très apprécié au sein de l'élite militaire et politique de Tokyo.

En 1925 survint un évènement qui modifia radicalement la vision que maître Ueshiba portait sur les arts martiaux. Un officier de la marine, maître de Kendo le défia en combat. Maître Ueshiba accepte et gagne le combat sans vraiment se battre. Il n'utilise pas son sabre mais évite ou dévie chacun des coups de l'officier car il est capable de visualiser la trajectoire de ces coups avant que l'officier ne les porte. Après le combat, maître Ueshiba , épuisé, se retire dans son jardin pour aller se rafraîchir près du puits. Il eut alors un sentiment de grande paix et de grande sérénité. Il lui parut soudain qu'il baignait dans une lumière dorée descendue du ciel. Son corps et son esprit devenait de l'or. Cette expérience intense et unique fut sa révélation personnelle, son Satori.
Maître Ueshiba raconte:"J'eus tout à coup la sensation que l'univers tremblait soudainement et qu'une energie couleur or s'élevait de la terre et entourait mon corps d'un voile, le transformant en un corps d'or. A ce même instant mon corps et mon esprit devinrent lumineux. Je pouvais comprendre le chant des oiseaux et j'eus conscience de la pensée de Dieu"...
"D'un seul coup je compris la nature de la création, la voie du guerrier , qui est de répandre l'amour divin": L' Aïkido était né! Il désigna cet enseignement sous le nom de aïki-budo plutôt que aïki-bujutsu.
La subduction du caractère do à celui de jutsu change entièrement l'esprit de l'étude: on passe de la "technique martiale de l'aïki" à "la voie martiale de l'aïki".

Histoire de l'Aïkikaï

En 1954 les quartiers généraux de l'Aïkido furent déplacés à Tokyo, et le dojo de Tokyo prit le titre officiel de "Fondation Aïkikaï": le Hombu Dojo de l'aïkido.

En septembre 1956 l'Aïkikaï effectua, pendant cinq jours, la première présentation publique d'arts martiaux sur le toit du grand magasin Takashimaya dans le quartier Nihombashi de Tokyo.

AïKikaï de Tokyo.
Cette démonstration eut un grand retentissement auprès des dignitaires étrangers. Même si Morihei ne fut jamais partisan de ce genre d'exhibition, il comprit que le Japon entrait dans une ère nouvelle et c'est pourquoi il laissa faire.

Le 7 août 1952, un grand festival fut organisé au temple aïki d'Iwama pour célébrer les soixante ans de pratique de Morihei et, en 1964, il reçut une distinction spéciale de l'Empereur Hirohito en reconnaissance pour sa contribution exceptionnelle aux arts martiaux.

Le 14 mars 1967, la première pierre d'un nouveau Hombu dojo, immeuble de trois étages, est posée. Il sera terminé le 18 décembre de la même année. Morihei Ueshiba ne garda l'usage que d'une seule pièce pour travailler et dormir.
L'Aïkikaï jouit aujourd'hui d'une position privilégiée au sein de l'aïkido mondial. Plus de la moitié des organisations nationales de l'aïkido reste affiliée à l'Aïkikaï de Tokyo qui exerce le rôle de Fédération Internationale d'Aïkido.

Cependant, d'autres formes d'aïkido sont aujourd'hui pratiquées:

-L'Aikido Yoshinkan crée par Gozo Shioda, qui met l'accent sur un style puissant datant d'avant guerre.
- L'aïkido Shinshin Toitsu crée par Kohichi Tohei, est une méthode de santé qui comprend des techniques d'aïkido axées sur le concept du KI.
- L'aïkido Tomiki, mis au point par Kenji Tomiki, comporte une forme de compétition.
-L'Aikido Yoseikan crée par Minoru Mochizuki, constitue un ensemble de techniques où l'on trouve mélangés des éléments d'aïkido, de judo, de karaté et de kenjutsu.

Iwama sanctuaire de l'Aïkido.
Vers la fin des années trente, l'armée japonaise se trouva très impliquée dans la guerre. La plupart des jeunes élèves de Morihei Ueshiba furent enrôlés dans l'armée. Cette conscription clairsemat les rangs du dojo Kobukan, ce qui impliqua une réduction de l'activité dans le dojo au moment ou la guerre du pacifique commença.

En 1942, après être tombé malade à la suite d'une grave affection intestinale, Maître Ueshiba décida d'établir un nouvelle base de l'organisation de l'aïkido dans la préfecture d'Ibaragi, dans le village d'Iwama, où il avait acheté des terres quelques années auparavant. Il laissa alors la charge du dojo de Wakamatsu-cho à son fils Kisshomaru Ueshiba.
A Iwama, Morihei commença la construction de ce qu'il nomma le Ubuya (lieu de naissance), le cercle sacré de l'Aïkido:

C'est à cette époque que le fondateur approfondit l'étude du sabre appelé en aïkido Aïki Ken et du bâton: Aïki Jo. Il considérait qu'il était fondamental de connaître le maniement de ces armes pour exécuter correctement les techniques à mains nues.
Il élabora alors un programme d'aïkido complet comprenant la pratique des armes et la pratique à mains nues. 
Pendant cette partie de sa vie passée à Iwama, Maître Ueshiba définit le concept de Takemusu Aïki, qui correspond à l'exécution spontanée d'une infinité de techniques adaptées à une attaque quel qu'elle soit. Au cours des années cinquante maître Ueshiba voyagea beaucoup à travers le Japon pour répondre aux innombrables sollicitations qu'on lui adressait. Il passait aussi quelques jours par mois à Tokyo pour revenir ensuite à Iwama. Il était, à cette époque, très difficile de prévoir, d'un jour à l'autre, où se trouvait Maître Ueshiba et même de savoir quand ils s'arrêterait pour diriger un cours à l'Aïkikaï de Tokyo. Beaucoup d'élèves, qui commencèrent l'entraînement après la guerre et eurent l'occasion de voir le fondateur enseigner ou faire des démonstrations, furent enthousiasmés par l'énergie et la beauté de ses mouvements, tout comme par son éthique des arts martiaux. A cette époque sa technique s'écoulait comme un fleuve de son esprit, sans limite, fondamentalement différente de la pratique extrêmement âpre qui mettait en évidence la force physique qui caractérisait ses jeunes années.

Ueshiba n'était pas toujours le sage et paisible maître à la sérénité souriante. Il entrait aussi dans des colères redoutables. Il était d'un tempérament tellement explosif que sa colère terrorisait les hommes les plus solides. Après avoir commis une faute, un des élèles qui vivait avec lui, passa une journée entière le front parterre en signe de repentir. Ueshiba aimait voyager et avait du plaisir à rendre visite aux nouveaux dojo d'Aikido qui venaient de se créer. Si pour le vieux maître le voyage était plutôt agréable, il n'en était rien pour ses disciples qui l'accompagnaient. Ils ne pouvaient pas se reposer une seconde, devaient porter toutes les bagages, et ne pouvaient jamais être sûrs de rien. Certaines fois Ueshiba insistait pour être à la gare une heure avant le départ puis subitement refusait de monter dans le train parce qu'il y avait quelquechose qui ne sentait pas bon ! Ou encore, son accompagnateur, encombré par les bagages et responsable d'aller chercher les billets, devait courir après un maître tétu aux pieds légers qui partait dans n'importe quelle direction pour disparaître dans la foule.

Lors des dernières années de sa vie, lorsque sa santé commença à se dégrader, maître Ueshiba se déplaça moins rapidement et moins librement, il adopta alors ses techniques en les raccourcissant. Il projetait ses élèves d'un geste rapide ou d'un petit mouvement de main et parfois sans les toucher.
Cette partie de sa vie coïncide avec les débuts du développement international de l'aïkido, par des démonstrations publiques et par la diffusion de films qui sont à l'origine de nombreux imitateurs qui n'avaient pas compris, que cet aïkido, était une suite naturelle de ses expériences passées et le résultat de plus de soixante ans de pratique et non un commencement.

Morihei Ueshiba décéda d'un cancer du foie, le 26 avril 1969. Il reçoit le même jour une dernière distinction à titre posthume de l'Empereur Hiro Hito. Ses cendres reposent dans le temple de la famille Ueshiba à Tanabe et les mèches de ses cheveux furent conservées comme reliques sur l'autel de l'aïki à Iwama, au cimetière familial de Ayabe et au grand autel Kumeno. Son fils Kisshomaru, lui succéda comme second Doshu de l'Aïkido. Son petit-fils Moriteru est aujourd'hui, à son tour, le troisième Doshu.